Development of a tool for the identification of somatic mutations and analysis of non-coding mutations in cancer

Abstract

Durante la última década, y gracias a la constitución de grandes consorcios internacionales, se han ido desentrañando las principales alteraciones moleculares presentes en los tipos de tumores más frecuentes. Conocer estas alteraciones ayuda a seguir investigando sobre los mecanismos por los que se da la desregulación celular que origina el cáncer. Sin embargo, aún queda mucho trabajo por hacer, como analizar otros tipos de tumores no tan frecuentes o conseguir que toda esta información se transforme en beneficios para los pacientes, por ejemplo, mediante un diagnóstico más preciso o el desarrollo de fármacos con menos efectos secundarios. En este sentido, durante la presente Tesis Doctoral se ha realizado el análisis genómico más exhaustivo hasta la fecha de linfomas de célula del manto (MCL). Esto ha permitido la identificación de nuevos genes y eventos conductores de esta enfermedad. Además, también se ha observado que, mientras en otras patologías los eventos importantes en la tumorigénesis son las mutaciones puntuales, en MCL lo son las alteraciones estructurales, ya que estos tumores presentan una gran inestabilidad cromosómica. La experiencia acumulada durante la identificación de mutaciones somáticas en MCL, y otros tipos de tumores como la leucemia linfática crónica (CLL), ha llevado a desarrollar, durante esta tesis, una herramienta, llamada RFcaller, con este mismo propósito. En este sentido, RFcaller, que es más rápido e igual de preciso que los principales programas desarrollados con este fin, se basa en características en nivel de lectura junto con algoritmos de aprendizaje automático para la detección de mutaciones somáticas en muestras pareadas normal/tumor.