Assessing DNA metabarcoding and environmental DNA for biomonitoring fluvial ecosystems using macroinvertebrates in peninsular Spain

Abstract

Se estudió la exhaustividad de las bases de datos genéticas de referencia y se secuenciaron cientos de especímenes. Se analizó el efecto de este esfuerzo de secuenciación local en los resultados de metarcoding y la inferencia del estado ecológico del río. Los resultados mostraron que el 21% de las morfoespecies secuenciadas carecían de secuencias de referencia en las bases de datos BOLD o GenBank. El enriquecimiento de bases de datos con nuevas secuencias condujo a una mayor detección de taxones, causando cambios en la inferencia molecular del estado ecológico. Se realizaron análisis comparativos para evaluar la congruencia entre los métodos basados en ADN y la identificación morfológica, destacando discrepancias y posibles causas. Los estudios de campo involucraron la recolección de muestras para identificación morfológica y muestras bulk y de eDNA para análisis de metabarcoding en varios ríos del noroeste de España.