Aplicación de técnicas de genómica y metagenómica a la caracterización molecular de enterobacterias resistentes a antibióticos carbapenémicos y al análisis del microbioma y resistoma fecal de pacientes con neoplasias hematológicas

Abstract

Las infecciones invasivas nosocomiales causadas por enterobacterias resistentes a antimicrobianos representan un grave desafío. El uso extensivo de carbapenémicos para combatirlas ha promovido la aparición de resistencia, limitando las opciones disponibles para su tratamiento. En esta tesis doctoral se caracterizó la epidemiología molecular y el resistoma de aislados de Klebsiella pneumoniae y del complejo Enterobacter cloacae productores de OXA-48 recuperados de pacientes con bacteriemia atendidos en el Hospital Universitario Central de Asturias en un período de cinco años. Se utilizaron para ello técnicas experimentales junto con análisis genómico. Se identificaron 76 aislados de K. pneumoniae pertenecientes a 14 secuencias tipo (ST), destacando los clones de alto riesgo ST147, ST15, ST307 y ST101. Muchos de los aislados producían, además de OXA-48, betalactamasas de espectro extendido (BLEE). Doce de ellos mostraron alta resistencia a meropenem (CMI ≥8mg/L), a consecuencia de alteraciones en el gen que codifica la porina OmpK36. Además, ocho aislados presentaron mutaciones cromosómicas que conferían resistencia a colistina, un antimicrobiano de última línea.