Seguimiento epidemiológico, genómica comparativa y análisis filogenético de aislamientos monofásicos de Salmonella enterica serotipo Typhimurium y otros serotipos con resistencias emergentes

Abstract

En esta Tesis Doctoral se abordó el estudio de aislamientos de S. enterica pertenecientes a la variante monofásica del serotipo Typhimurium, con elevada incidencia a nivel mundial, y de otros serotipos con resistencias emergentes. Se utilizaron para ello técnicas experimentales, junto con secuenciación y análisis genómico. La primera parte de la Tesis se centró en el estudio de la variante monofásica, determinando su incidencia en el Principado de Asturias (PA) durante el periodo 2008-2018. Se analizaron un total de 741 aislamientos de los cuales 615 (83%) procedían de muestras clínicas y los 126 restantes (17%) de alimentos. En base al fenotipo de resistencia/genes responsables y su localización, estos aislamientos se asignaron a tres clones: los clones español y sud-europeo, que contienen plásmidos híbridos de resistencia-virulencia pertenecientes a los grupos de incompatibilidad IncC e IncR, respectivamente, y el clon europeo, con resistencia cromosómica, siendo este último prevalente en el PA. La secuenciación de genomas de aislamientos pertenecientes a los tres clones se llevó a cabo utilizando las plataformas Illumina y PacBio de segunda y tercera generación, respectivamente.