Evaluación de técnicas basadas en el análisis de restricción del ADN genómico como métodos de tipificación de salmonella typhimurium

Abstract

Se valoraron técnicas genéticas basadas en el análisis de fragmentos de restricción del adn cromosómico: rea-tipificación, pfge-tipificación realizada con xbai, y ribotipificación con hincii, bgli, sali, pvuii y ecori, como métodos de tipificación sobre una serie de 72 cepas de salmonella enterica serotipo typhimurium y su posterior correlación con biotipificación, fagotipificación y resistencia a antimicrobianos. La rea-tipificación no se mostró como un buen método por bajo índice de discriminación (id), y dificultad de interpretación de resultados. Mediante pfge, utilizando las bandas mayores de 100 kb como criterio de separación, se definieron 26 pulsotipos, con un id=0,87. El dendrograma de relación genética entre pulsotipos mostraba tres "clusters" y dos ramas independientes a un nivel de similitud de 0,7. Sólo las ers hincii, sali y pvuii se mostraron apropiadas para la ribotipificación: 13, 9 y 9 ribotipos, respectivamente, e ids de 0,81, 0,53 y 0,59. Al combinar resultados (esquema de "ribotipificación a tres vías"), el número de ribotipos combinados (rtcs) fue de 20, aumentando el id a 0,84. En el dendrograma de relación genética, a un nivel de similitud de 0,78, todos los rtcs de typhimurium quedaban agrupados en un único cluster. Ambos métodos permitían la diferenciación de cepas adscritas a los fagotipos más frecuentes y de las no fagotipificables. Se encontró cierta correlación entre los tres métodos (pfge-tipificación, ribotipificación a tres vías y fagotipificación). La combinación de resultados de pfge-tipificación, "ribotipificación a tres vías" y fagotipificación diferenció 46 líneas clonales, 42 de ellas presentes en asturias; las tres líneas más frecuentes pueden considerarse endémicas, por incluir organismos patógenos recogidos a lo largo de la última década. Otras líneas parece que tienen menor incidencia en la salmonelosis humana.