Identificación, tipificación y estudios de resistencia/virulencia de una cepa multirresistente de Salmonella enterica serotipo Cholearasuis: análisis fenotípico y genómico

Abstract

Los serotipos no tifoideos de Salmonella enterica constituyen una de las principales causas de infecciones gastrointestinales a nivel mundial. Esto representa un grave problema de salud pública, con importantes repercusiones sociales y económicas. De hecho, la Organización Mundial de la Salud considera que la resistencia de las bacterias a los agentes antimicrobianos es uno de los mayores desafíos que afronta la medicina actual. A diferencia de otros serotipos no tifoideos, S. enterica serotype Choleraesuis se encuentra adaptado a cerdos, que son su principal hospedador y preferentemente origina infecciones invasivas en seres humanos. En este TFG se determinará experimentalmente el fenotipo de resistencia y el contenido plasmídico de una cepa de origen clínico de este serotipo. Además, se llevará a cabo el análisis de su genoma, previamente secuenciado utilizando la plataforma Illumina de segunda generación. Las lecturas cortas generadas por Illumina serán ensambladas con Spades, una vez evaluada su calidad mediante FastQC. El análisis “in silico” de los contigs obtenidos se llevará a cabo utilizando herramientas bioinformáticas disponibles “on line”, en el Centro de Epidemiología Genómica de la Universidad Técnica de Dinamarca. Esto permitirá confirmar la especie (SpeciesFinder y KmerFinder) y el serotipo (SeqSero), determinar la secuencia tipo (MLST), detectar y tipificar plásmidos (PlasmidFinder y pMLST) e identificar genes de resistencia (ResFinder). Finalmente, combinando técnicas experimentales y análisis bioinformático, se llevará a cabo un estudio detallado del plásmido de virulencia específico de este serotipo.