Análisis fenotípico y genómico de una cepa multirresistente de Salmonella enterica serotipo Typhimurium perteneciente al clon pandémico DT104

Abstract

Los serotipos no tifoideos de Salmonella enterica constituyen una de las principales causas de infecciones gastrointestinales a nivel mundial. Esto representa un grave problema de salud pública, con importantes repercusiones sociales y económicas. Uno de los serotipos más frecuentes de S. enterica es Typhimurium, cuyo éxito epidemiológico se debe principalmente a la dispersión de un número reducido de clones multirresistentes. Entre ellos, el clon Typhimurium DT104. Este clon fue inicialmente detectado a principios de la década de 1980 en el Reino Unido y, a partir de entonces se extendió globalmente. Typhimurium DT104 presenta un fenotipo penta-resistente que característicamente incluye resistencia a ampicilina, cloranfenicol, estreptomicina, sulfonamidas y tetraciclina, codificada por la isla genómica SGI-1 de localización cromosómica. En este TFG se determinará experimentalmente el fenotipo de resistencia y el contenido plasmídico de una cepa de Typhimurium DT104 de origen clínico. Además, se llevará a cabo el análisis del genoma de esta cepa, previamente secuenciado utilizando la plataforma Illumina de segunda generación. Las lecturas cortas generadas por Illumina serán ensambladas con Spades, una vez evaluada su calidad mediante FastQC. El análisis “in silico” de los contigs obtenidos se llevará a cabo mediante herramientas bioinformáticas disponibles “on line”, en el Centro de Epidemiología Genómica de la Universidad Técnica de Dinamarca. Esto permitirá confirmar la especie (SpeciesFinder y KmerFinder) y el serotipo (SeqSero), determinar la secuencia tipo (MLST), detectar y tipificar plásmidos (PlasmidFinder y pMLST) e identificar genes de resistencia (ResFinder). Se realizará, además, un estudio detallado de la isla de resistencia SGI-1 para determinar su estructura y sitio de inserción en el cromosoma de la bacteria, ampliándose a la caracterización de plásmidos, en caso de ser detectados.