Aproximaciones bioinformáticas para la identificación de alteraciones en splicing en cáncer

Abstract

Aunque el splicing es un mecanismo pleiotrópico necesario para la función celular, la implicación directa de genes de splicing en el proceso de transformación neoplásica se conoce desde hace años gracias al desarrollo de las técnicas de secuenciación masiva. Uno de estos genes, conocido como SF3B1, es el gen más comúnmente mutado en síndromes mielodisplásicos (SMD) y el segundo en leucemia linfática crónica (LLC), reforzando su importancia en la carcinogénesis. Sin embargo, aún se desconoce el mecanismo por el que las mutaciones en SF3B1 contribuyen a este proceso. En el presente trabajo se ha estudiado si la alteración de SF3B1 provoca cambios específicos en los perfiles de expresión génica de pacientes con cáncer. El análisis de 159 casos de LLC, 269 de cáncer de páncreas y 253 de cáncer de mama, permitió identificar genes cuya expresión está alterada debido a mutaciones en dicho gen. Sin embargo, ninguno de ellos era recurrente en los tres tipos tumorales estudiados, ni siquiera cuando se enfrentaban los cánceres dos a dos. En este último caso, la realización de análisis menos restrictivos señaló la presencia de varias decenas de genes comunes que podrían ser dianas directas de la actividad mutante del factor SF3B1. Además, la mayor parte de los genes que son recurrentes en LLC y cáncer de páncreas (20 de los 24) tienen un cambio en la expresión en el mismo sentido en ambos tipos tumorales hacia una expresión reprimida. Por otra parte, se ha estudiado si la presencia de mutaciones somáticas en SF3B1 provoca la activación de nuevos sitios aceptores de splicing alternativos mediante el análisis cualitativo de k-mers de RNA-Seq. Esta aproximación permitió identificar un nuevo evento de splicing, en el gen KCTD17. Un estudio posterior de la relación de eventos crípticos y canónicos de splicing que se producen en ATM reveló que la alteración de SF3B1 sólo provoca un aumento de la formación del splicing aberrante que se da en condiciones normales. Estos datos sugieren que para determinar el efecto de las mutaciones en SF3B1 sobre el splicing es necesario el empleo de estrategias que evalúen los fenómenos de splicing de manera cuantitativa.