Utilización de la DGGE para la caracterización de la microbiota asociada a la manzana de sidra

Abstract

La fabricación tradicional de sidra en el Principado de Asturias se realiza mediante una fermentación espontánea del mosto de manzana recién prensado. Según este proceso, la doble fermentación que experimenta el mosto se lleva a cabo por la acción de la microbiota indígena: levaduras del género Saccharomyces en el caso de la fermentación alcohólica y bacterias lácticas, principalmente Oenococcus oeni, en el caso de la fermentación maloláctica. La presencia de estos microorganismos en el mosto puede vincularse con la microbiota de la manzana y/o con los equipos y materiales de trabajo utilizados durante los procesos de molienda, prensado y macerado. En este trabajo se estudió la microbiota presente en la superficie de cinco variedades de manzana para analizar la diversidad microbiana de la fruta y su posible vínculo con la microbiota que participa en los procesos fermentativos de la sidra. Para ello, se extrajo el ADN microbiano total de la superficie de las manzanas estudiadas y se amplificaron por PCR específico y de manera independiente las regiones V3 del gen que codifica el ARNr 16S de las bacterias y el dominio D1 del gen que codifica el ARNr 26S de los eucariotas. Los amplicones obtenidos se analizaron mediante DGGE, y con la finalidad de identificar las poblaciones que conforman los perfiles electroforéticos, varias bandas de los geles se aislaron, se reamplificaron y se secuenciaron para comparar las secuencias resultantes con las bases de datos públicas. Los perfiles de DGGE revelaron una elevada diversidad microbiana en la fruta (15-20 bandas correspondientes a bacterias y 5-7 correspondientes a mohos y levaduras), con escasa variación entre las cinco variedades estudiadas. La identificación de las bandas reveló la dominancia de enterobacterias de los géneros Escherichia y Shigella en el perfil procariota, y la presencia de hongos del género Exobasidium entre los eucariotas. Estas poblaciones mayoritarias detectadas por DGGE no parecen estar relacionadas con los procesos de fermentación espontánea del mosto de manzana.